В 2029 году человеческое тело перестало быть пределом возможностей, ведь кибернетические имплантаты позволяют заменить почти любую часть организма. Майор Мотоко Кусанаги, элитный оперативник специализированного подразделения, занимающегося киберпреступностью, получает задание выйти на след неуловимого хакера, известного как Кукловод. Этот злоумышленник не просто взламывает системы, а манипулирует сознанием людей, заставляя их совершать преступления против своей воли. В ходе погони Мотоко сталкивается с серией странных убийств, где жертвы не помнят своих действий. Постепенно она понимает, что Кукловод — не обычный преступник, а нечто гораздо более сложное, способное существовать вне человеческого тела. Расследование приводит её к столкновению с корпоративными заговорами и вопросами о природе собственной души, ведь её собственное сознание тоже может быть лишь цифровой копией. В финальной схватке, где реальность и виртуальность переплетаются, Мотоко приходится пожертвовать своим телом, чтобы вступить в прямой контакт с загадочным противником и узнать правду о его происхождении.