Питер Паркер продолжает балансировать между обязанностями супергероя и личной жизнью, но с каждым днем ему все сложнее совмещать спасение города с учебой. Его отношения с Гвен становятся глубже, однако идиллия рушится, когда на горизонте появляется новый враг — Макс Диллон, обычный инженер, превратившийся в живое оружие, способное управлять электричеством. Поначалу его действия кажутся хаотичными, но вскоре выясняется, что за ними стоит более мрачный и личный замысел, связанный с прошлым отца Питера.
Пока Человек-паук пытается остановить разбушевавшегося Электро, город погружается в хаос, а на плечи героя ложится еще и расследование тайны исчезновения родителей. В поисках правды он натыкается на следы могущественной корпорации, где, как оказывается, работал и его отец. Параллельно Питер сталкивается с новым союзником — загадочным человеком в черном костюме, который знает о его секрете больше, чем должен. Этот незнакомец оказывается Гарри Озборном, другом детства, который ищет способ спасти умирающего отца и готов пойти на крайние меры ради этого.
Ситуация накаляется, когда Электро объединяет усилия с промышленником Норманом Озборном, чьи эксперименты с сывороткой приводят к катастрофическим последствиям. Питер оказывается между двумя огнями: с одной стороны — желание защитить Гвен и ее семью, с другой — необходимость раскрыть заговор, который угрожает всему городу. Финальная битва происходит на фоне горящих небоскребов, где герою приходится сделать невозможный выбор, жертвуя личным ради общего блага.