Второй год обучения в Школе чародейства и волшебства начинается для юного волшебника с неожиданного визита странного существа. Домовой эльф по имени Добби появляется в доме Дурслей и настоятельно советует не возвращаться в Хогвартс, намекая на грядущие смертельные опасности. Игнорируя предупреждение, Гарри вместе с друзьями отправляется в школу, но по пути их постигает неудача: они не могут пройти через барьер на платформе 9 и ¾.
В результате им приходится лететь в школу на летающем автомобиле. В стенах замка начинают происходить странные события: ученики каменеют, а на стенах появляются угрожающие надписи о Тайной комнате. Гарри начинает слышать таинственный голос, который никто другой не воспринимает. Он узнает, что много лет назад в школе уже случались подобные нападения, и тогда погибла одна из учениц.
Раскрывая секреты прошлого, Гарри находит дневник, принадлежавший Тому Реддлу. Через него юный волшебник видит события пятидесятилетней давности, связанные с открытием Тайной комнаты. Параллельно он пытается выяснить, кто стоит за нынешними нападениями. Подозрения падают на наследника Слизерина, который, по легенде, может управлять чудовищем, живущим в комнате.
Кульминацией становится проникновение Гарри в тайное убежище, где он сталкивается с огромным змеем — василиском. В решающей схватке ему помогает феникс и верный меч, а также собственная преданность друзьям. В результате противостояния удается не только уничтожить чудовище, но и разоблачить истинного наследника, который оказывается частью темного прошлого самого Гарри.